Giovanni da Montecorvino è considerato il primo fondatore della Chiesa in Estremo Oriente. Primo Vescovo di Khanbaliq, per l'eroicità della sua missione e le sofferenze subite nel nome di Cristo, è ritenuto dai francescani un autentico "gigante" della storia delle missioni "ad gentes".

La missione francescana del Cathay si estinse in seguito a due impedimenti insormontabili. Innanzitutto, l'islamizzazione dei canati tartari occidentali comportò un ostacolo insuperabile per tutti i cristiani che tentarono di passare attraverso quelle terre per recarsi in Estremo Oriente. I tentativi non si contano e i martiri neppure. Inoltre non sono trascurabili le conseguenze della caduta dalla dinastia mongola degli Yuan e l'ascesa della dinastia cinese dei Ming (1368) che, refrattaria agli influssi esterni, chiuse le frontiere del nuovo restaurato Impero Celeste. Una chiusura che, causa l'isolamento in cui cadde la Cina, si mantenne fino alla seconda metà del sec. XVI, quando i primi missionari gesuiti poterono approdare su quella stessa costa cinese sulla quale erano sbarcati, più di due secoli prima, i primi missionari francescani.

Si inaugurava così un'epoca nuova per le missioni cattoliche in Cina, ma iniziava un'epoca nuova anche per la stessa Cina, se non altro per aver sbloccato il proprio isolamento internazionale e culturale. L'arrivo dei gesuiti fu subito seguito da quello dei francescani. I primi si impegnarono nell'evangelizzazione dell'alta società cinese; i secondi indirizzarono fondamentalmente la loro azione apostolica verso le classi povere.

Dopo la fallita spedizione missionaria francescana spagnola del 1579-1585, causa l'ostruzionismo coloniale portoghese, fu solo nel 1633 che si ripresentò l'opportunità per i francescani di riprendere l'evangelizzazione dei cinesi. Con l'aiuto dei missionari domenicani, due frati minori spagnoli riuscirono a stabilirsi nel Fukien.

Negli anni successivi uno di questi, p. Antonio Caballero († 1669), con alcuni suoi collaboratori, si sposterà verso nord fino ad arrivare a Pechino. Intenzionato di impiantare la missione in Corea, fu invece convinto da due gesuiti, residenti a Pechino, dell'impossibilità dell'impresa. I medesimi gesuiti suggerirono invece di riprendere l'evangelizzazione dello Shantung, sospesa anni addietro dai padri della Compagnia per difetto di sacerdoti. Era l'ottobre del 1650, quando i primi frati minori guidati da p. Caballero si stabilirono definitivamente a Tsinan-fu, capitale della provincia dello Shantung. Qui il p. Caballero battezzò più di 5000 cinesi.

Nel 1665 sorse un primo consistente contrasto nei confronti dei missionari presenti nel regno. Tutti furono trasferiti a Canton e ivi trattenuti nella casa dei gesuiti. In quell'anno, oltre al piccolo gruppo francescano, operavano in Cina 25 gesuiti e 8 domenicani.

Anno 1672: riprende l'invio di religiosi dell'OFM. Si iniziò tutto da capo. I francescani spagnoli insieme ai domenicani si insediarono nel Fukien e, negli anni successivi, fecero ritorno nello Shantung, ripigliando così la missione fondata dal Caballero.

Mentre si stava consolidando l'azione missionaria francescana nello Shantung, i frati spagnoli si stabilirono saldamente anche a Canton espandendo la loro azione nella provincia dello Kwangtung, dove fondarono alcune case di suore e altre residenze.

Nel 1690 fu creata la diocesi di Pechino e il francescano p. Bernardino Della Chiesa († 1721) fu il suo primo Vescovo. Così quella grande diocesi, nata per l'opera apostolica del minorita Giovanni da Montecorvino nel 1310, per opera di un altro francescano ritornava a vivere dopo la sua estinzione canonica decretata nel 1410. Passati alcuni anni verrà eretto il vicariato apostolico dello Shensi con sede a Sian-fu. Fu affidato al francescano veneto p. Basilio Brollo († 1704), il quale si adoperò assiduamente perché la missione si espandesse verso il Kansu. Nel 1698 l'organico cattolico complessivo ammontava a 16 frati minori (12 spagnoli e 4 italiani), 38 gesuiti, 9 domenicani, 5 agostiniani e 7 sacerdoti delle Missioni Estere di Parigi, che tutti insieme costituivano un corpo di 75 missionari. I frati minori italiani erano presenti nelle province dello Shensi e dello Shansi, mentre gli spagnoli erano saldamente radicati nelle province del Fukien, Shantung e Kwangtung.

La prima metà del XVIII secolo si caratterizzò per la questione dei "riti cinesi" (quale nome dare a Dio Padre e culto dei defunti), già iniziata verso la metà del secolo precedente, ma che fino allora non aveva interferito più di tanto con il lavoro missionario. Aiutato da un clima di larga tolleranza, il cattolicesimo cinese cresceva oltre le aspettative dei missionari stessi. Basti pensare che nel 1723 i cristiani cinesi erano oltre 300.000, dei quali 100.000 nelle missioni francescane. Ma proprio in quell'anno sorsero delle ostilità gravi – nate più per questioni politiche che religiose – nei confronti di tutti i cristiani. Nel 1736 si tramuteranno poi in persecuzione con l'applicazione della pena di morte per i missionari, e proseguiranno, più o meno duramente, fino alla metà del secolo XIX.

In seguito all'infausta guerra dell'oppio (1841-1842) si ebbe la sottoscrizione di un trattato di pace tra i cinesi e gli inglesi vincitori, cosicché nel 1846 fu imposta da questi ultimi l'abrogazione di tutte le leggi di condanna del cristianesimo. Dopo 120 anni le leggi oppressive vennero così a cessare, e per l'impulso dato da papa Gregorio XVI († 1846) si poté ristrutturare l'intera missione cattolica cinese. Furono fondate nuove diocesi e istituiti nuovi vicariati apostolici, ma ebbero a nuocere gli ineliminabili legami che la Chiesa dovette per forza mantenere con le potenze europee, le quali mortificarono non poco l'opera missionaria, facendola apparire agli occhi dei cinesi come un'azione di propaganda della cultura e della politica coloniale occidentale. In questo tempo i frati minori, per un totale di 26 religiosi, furono impegnati direttamente, per iniziativa di "Propaganda" "Fide", nella cura di tutte le missioni presenti nelle province di Shantung, Shansi, Shensi, Kansu, Hupeh e Hunan.

Originatasi come ultima conseguenza dei movimenti popolari nazionalisti che volevano debellare la prepotente ingerenza delle potenze coloniali europee, la rivolta dei Boxer colpirà principalmente i cristiani, considerati come la concreta conseguenza dell'egemonia straniera. Ne seguirono rovina e morte. Nello Shantung furono distrutte più di duecento stazioni missionarie, più di 10.000 cristiani furono dispersi, di questi più di duecento furono trucidati causa la loro fede. Peggio avvenne nello Shansi e nell'Hunan. Basti pensare che furono inoltrate più di 1.500 cause di beatificazione di cristiani martiri appartenenti alle comunità dello Shansi settentrionale. Di tutti questi il 24 novembre 1946 Pio XII procedette alla proclamazione di 29 beati: i tre Vescovi, cinque religiosi, sette suore, cinque seminaristi e nove fedeli. Di questi ultimi ben 11 appartenevano al Terzo Ordine Francescano.

Fallita la sollevazione dei Boxer, con la conseguente e rinnovata prostrazione della nazione cinese da parte delle potenze occidentali, le missioni francescane ripresero a crescere. Si rimpiazzarono i sacerdoti uccisi e si ricostruirono le chiese distrutte. I seminari furono riaperti. Sebbene la situazione politica fosse molto difficile, la crescita della Chiesa fu incredibile. Dal 1900 al 1912 nello Shantung furono battezzati 105.000 adulti. Sempre nel 1912 nell'Hunan, la più difficile tra le missioni, i cristiani erano 13.112.

La guerra civile scoppiata tra il Kuomintang di Chiang Kai-shek e il Partito Comunista di Mao Tse-tung costituì una realtà pregna di incognite per il futuro della Chiesa cattolica: i francescani operanti nello Shensi occupato dai comunisti, furono subito espulsi. Ma la situazione ebbe ulteriormente a degradarsi con la guerra cino-nipponica (1937-1945). Anche qui non si contano gli interventi umanitari operati dai frati minori e da tutti gli altri missionari a vantaggio degli oppressi, anche a rischio della propria vita. Un esempio per tutti: moltissime ragazze cinesi furono nascoste dai francescani per impedire che fossero inviate nei bordelli dei militari giapponesi. Una nota importante: durante il secondo conflitto mondiale a Pechino un francescano siciliano, il venerabile p. Gabriele Allegra, fonda lo Studio Biblico, con lo scopo di tradurre tutta la Bibbia in lingua cinese. In seguito, lo Studio Biblico verrà trasferito ad Hong Kong, dove tuttora risiede.

Nel 1946 la Santa Sede giudicò maturo il tempo in cui la Chiesa in Cina poteva essere retta da una regolare gerarchia ecclesiastica, cosicché la Cina venne divisa in venti province ecclesiastiche, tutte sottomesse alla direzione degli Arcivescovi, elevando nel contempo i vicariati apostolici alla dignità di diocesi. In seguito a ciò furono assegnate all'OFM l'assistenza di cinque archidiocesi, tredici diocesi e nove prefetture apostoliche. In breve, nel 1948 in Cina operavano 706 Frati Minori, di cui circa 150 cinesi, distribuiti in 28 conventi, per una cura pastorale di più di 400.000 fedeli.

Con la proclamazione della Repubblica del Popolo Cinese, l'1 ottobre 1949, tutti i missionari stranieri furono espulsi. Iniziò così un esodo che durò fino al 1957. I sacerdoti e i frati cinesi furono tutti incarcerati ed inviati nei campi di rieducazione: di molti di loro non si saprà più nulla.