San Pedro de Alcántara, cuyo nombre de pila era Juan Garabito, hijo de Alfonso Garabito y de María Vilela de Sanabria, nació en Alcántara, Extremadura (España), en 1499.
Tras completar sus estudios universitarios en Salamanca, ingresó, a los dieciséis años, en la Orden de los Hermanos Menores de la Observancia, en el convento de Los Majarretes, donde vistió el hábito y adoptó el nombre de Pedro. Fue ordenado sacerdote en 1524 y, pocos años después, logró retirarse al convento de San Onofre, donde dio testimonio de una vida de extrema austeridad, penitencia y pobreza, inspirada por su pasión por el ideal franciscano y por su deseo de conducir a la Orden a una observancia más fiel de la Regla.
Elegido ministro de la Provincia de San Gabriel en 1538, Pedro emprendió su obra de reforma, exhortando a los hermanos a recuperar el rigor de los orígenes franciscanos mediante las llamadas «Constituciones para los religiosos de más estricta observancia», redactadas por él mismo y aprobadas en el capítulo de Plasencia de 1540.
Sin embargo, encontró una fuerte resistencia entre los hermanos y se vio obligado a abandonar temporalmente su proyecto reformador. Decidió entonces retirarse como ermitaño a Portugal, donde pronto se le unieron otros hermanos, con quienes formó pequeñas comunidades, de las que Pedro fue guardián y maestro de novicios.
En 1553 regresó a España y, tras otro período de soledad y penitencia, emprendió descalzo el viaje a Roma para solicitar al papa Julio III autorización para fundar pequeñas comunidades caracterizadas por la pobreza evangélica. El papa se la concedió y, de regreso a España, Pedro fundó numerosos conventos. En 1561, estos fueron erigidos en la provincia autónoma de «San José», para la cual redactó nuevas constituciones, aún más severas y exigentes que las anteriores.
Esta vez, sin embargo, la reforma, que proponía el retorno a la pobreza originaria franciscana, se difundió con gran rapidez por las demás provincias de España y Portugal, hasta el punto de recibir en 1562 la aprobación pontificia mediante la bula In suprema militantis Ecclesiae.
Pronto la reforma se extendió también a otros países de Europa, al Lejano Oriente y a América Latina.
San Pedro de Alcántara es conocido también por su encuentro con santa Teresa de Jesús. En 1560, durante una estancia en Ávila, visitó el monasterio de la Encarnación de las carmelitas, donde conoció a Teresa, quien atravesaba una profunda crisis espiritual. Pedro, que conocía bien este tipo de pruebas interiores, la reconfortó y la animó a perseverar.
Sobre él escribe la santa de Ávila en su Libro de la vida: «¡Qué modelo de virtud era fray Pedro de Alcántara! ¡El mundo de hoy ya no es capaz de tal perfección! ¡Y cuán grande le dio Su Majestad a este santo que digo, para hacer cuarenta y siete años tan áspera penitencia, como todos saben! » (Vida, CAPP. XXVII. XXX).
Santa Teresa lo eligió como director espiritual y consejero en su reforma del Carmelo.
Pedro murió el 18 de octubre de 1562 en Arenas de San Pedro, en la diócesis de Ávila. Fue beatificado por Gregorio XV el 18 de abril de 1622 y canonizado por Clemente IX el 28 de abril de 1669.
Entre sus escritos destaca el Tratado de la oración y meditación, compuesto entre 1556 y 1557.
Del Martirologio Romano: «En Arenas, en Castilla, España, san Pedro de Alcántara, sacerdote de la Orden de los Hermanos Menores, quien, sobresaliente por el don de consejo y por una vida de penitencia y austeridad, restauró la disciplina de la observancia en los conventos de la Orden en España y fue consejero de santa Teresa de Jesús en la reforma de la Orden Carmelita».